En la historia del Milagro salteño está documentado el vínculo de la Catedral Basílica de Salta con las imágenes del Señor y la Virgen del Milagro. 

Según los escritos, la imagen del Señor del Milagro pertenece a un obsequio del Fray español, Francisco de Victoria. Naufragó sobre el Puerto de Calllao y recaló en Salta, porque en el cajón que la recubría estaba escrito su destino: "Un Cristo Crucificado para la Iglesia Matriz de Salta".

Como la imagen de Cristo estaba destinada para la Iglesia Matriz, la Catedral Basílica se instituyó como su hogar. Desde la Catedral dijeron: "Se llama Matriz porque es la madre de las iglesias y fue pensada como el santurario para nuestros patronos, que al momento de construirse la Catedral, ocupaban un lugar central en la fe de los Salteños". 

De acuerdo a la historia del Milagro y, fuentes consultadas en la Catedral, se supo que las imágenes nunca permanecieron en un templo que no haya sido la Catedral Basílica de Salta.